Το 1890 ιδρύθηκε στη Σμύρνη ο Σύλλογος «ΟΡΦΕΥΣ» με τα μέλη του να θέλουν ο σύλλογος να ασχολείται κυρίως με τον αθλητισμό και έτσι ιδρύεται ο νέος Σύλλογος με το όνομα «ΓΥΜΝΑΣΙΟΝ» με σκοπό την ανάπτυξη και διάδοση του Γυμναστικού αθλήματος. Το 1898 οι σύλλογοι «ΟΡΦΕΥΣ» και «ΓΥΜΝΑΣΙΟΝ» ενώνονται και φτιάχνουν ένα ενιαίο σύλλογο με τον τίτλο «ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ ΓΥΜΝΑΣΤΙΚΟΣ ΣΥΛΛΟΓΟΣ ΣΜΥΡΝΗΣ». Tο τμήμα ποδοσφαίρου τoυ Πανιωνίου σχηματίστηκε επί οργανωμένης βάσης το 1895 και αποτελεί την αρχαιότερη εν ενεργεία ελληνική ποδοσφαιρική ομάδα. Έχει χρώματα το κόκκινο και το μπλε και έδρα αποτελεί τo στάδιο Νέας Σμύρνης με χωρητικότητα 11.115 θεατών.

Τα πρώτα χρόνια στη Σμύρνη

Ο Ορφεύς Σμύρνης έκανε την εμφάνιση του στις 14 Σεπτεμβρίου του 1890 και από τότε άρχισε να συμμετέχει σε ποδοσφαιρικούς αγώνες απέναντι σε ομάδες τις οποίες απάρτιζαν ναύτες που ερχόντουσαν με τα πλοία στο λιμάνι της Σμύρνης αλλά και απέναντι σε άλλους συλλόγους από τις γύρω περιοχές. Στην περιοχή του Μπουρνούβα διεξάγονταν ως το 1904 οι Πανιώνιοι Αγώνες οι οποίοι είχαν αποκτήσει μεγάλη φήμη.

Τον Οκτώβριο του 1895 η ποδοσφαιρική ομάδα του συλλόγου «Γυμνάσιον Σμύρνης» επανενώθηκε με τον Ορφέα και δημιουργήθηκε ο Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σμύρνης. Για τα επόμενα χρόνια η ομάδα του Πανιωνίου πρωταγωνιστούσε στη Σμύρνη ενώ συμμετείχε και σε τουρνουά που διεξάγονταν στην Αθήνα.

Το 1920 η Εθνική ομάδα ποδοσφαίρου πήρε μέρος στους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αμβέρσας όπου τρεις ποδοσφαιριστές του Πανιωνίου βρισκόταν στην αποστολή . Ο λόγος για τους Αντώνιο Φωτιάδη, Σωτήριο Δεσμόπουλο και Θεόδωρο Δημητρίου.

Ο ερχομός στην Αθήνα

Η καταστροφή και ο ξεριζωμός των Ελλήνων της Σμύρνης φέρνει αναγκαστικά τον Πανιώνιο στην Αθήνα, όπου τον Ιανουαρίου του 1923 συμμετέχει για πρώτη φορά στο Γ΄ πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Αθηνών-Πειραιώς εναντίον του Παναθηναϊκού. Η συνέχεια βέβαια ωστόσο είναι δύσκολη, η ομάδα δεν είχε γήπεδο και μοναδικός δικός της χώρος ήταν ένα δωμάτιο στα αποδυτήρια του Παναθηναϊκού Σταδίου.

Τα επόμενα χρόνια η ομάδα ανεβοκατέβαινε μεταξύ Β’ και Γ΄Εθνικής μέχρι την περίοδο 1933-34 όπου τα προβλήματα αλλά και η έλλειψη γηπέδου, οδήγησαν στην ουσία στη διάλυση του ποδοσφαιρικού τμήματος. Οι περισσότεροι παίκτες συνέχισαν να παίζουν ποδόσφαιρο στην Πράσινη Θύελλα, ωστόσο το 1940 με το γήπεδο στη Ν. Σμύρνη να βρίσκεται προ των πυλών οι ποδοσφαιριστές επέστρεψαν στον Πανιώνιο και το τμήμα πήρε ξανά ζωή.

Μετά το τέλος του πολέμου ο σύλλογος άρχισε να κάνει ανοδικά βήματα και έφτασε ακόμα και στην κατάκτηση του πρωταθλήματος Αθηνών το 1951. Εκείνη την εποχή διέπρεψαν με την φανέλα του Ιστορικού παίκτες όπως ο Κώστας Νεστορίδης, ο Θανάσης Σαραβάκος, ο Ιωάννης Σκορδίλης, ο Νίκος Πεντζαρόπουλος κ.α.

Το 1949 ο σύλλογος βραβεύεται από την Ακαδημία Αθηνών για την προσφορά του στον Ελληνικό αθλητισμό και στην Ελληνική αθλητική παιδεία.

Η αρχή στην Α΄Εθνική

Την περίοδο 1959-60 συγκροτείται η Α’ Εθνική με τον Πανιώνιο να είναι μία από τις 16 ομάδες που συμμετέχουν σε αυτήν. Στην πρώτη δεκαετία της Α΄Εθνικής ο Πανιώνιος αποτελούσε εκ των πρωταγωνιστών στην κατηγορία. Με παίκτες όπως ο Στάθης Μαυρίδης, ο Στάθης Χάιτας, ο Τάκης Παπουλίδης κ.α. έφτασε μέχρι τον τελικό του Κυπέλλου το 1961 αλλά ηττήθηκε με 1-0 από τον Ολυμπιακό . Την περίοδο 1969-70 κάνει για πρώτη φορά την εμφάνιση του στην Ευρώπη με τη συμμετοχή του στο Κύπελλο Διεθνών Εκθέσεων όπου όμως γνωρίζει τον αποκλεισμό από τη Χάνσα Ρόστοκ με δύο ήττες (2-0, 3-0).

Οι διακρίσεις και ο πρώτος τίτλος

Την δεκαετία του 70’ ο Πανιώνιος παρουσιάζει μία από τις καλύτερες ομάδες της ιστορίας του και φτάνει στην κατάκτηση του πρώτου του τίτλου. Αρχικά το 1971 τερματίζει στην 2η θέση αφήνοντας πίσω του τον Παναθηναϊκό που εκείνη τη χρονιά είχε φτάσει στον τελικό του Κυπέλλου Πρωταθλητριών στο Γουέμπλεϊ.

Την επόμενη χρονιά τερμάτισε στην 7η θέση του πρωταθλήματος, στην Ευρώπη όμως σημείωσε σημαντικές επιτυχίες. Αρχικά στην αρχή της σεζόν έφτασε στην κατάκτηση του Βαλκανικού Κυπέλλου επικρατώντας της αλβανικής Μπέσα Καβάγια τον Δεκέμβριο. Στη συνέχεια έλαβε μέρος στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ όπου στον πρώτο γύρο έκανε την έκπληξη και απέκλεισε την Ατλέτικο Μαδρίτης. Προπονητής τότε ήταν ο Άγγλος Τζο Μάλετ και στην ενδεκάδα της ομάδας υπήρχαν παίκτες όπως ο Γιώργος Δέδες, ο Θανάσης Ιντζόγλου, ο Στάθης Χάιτας και ο Θωμάς Μαύρος ο οποίος τότε ήταν 17 χρονών.


Η επόμενη αντίπαλος όμως η ουγγρική Φερεντσβάρος προκάλεσε αρκετά προβλήματα στον «Ιστορικό». Στο πρώτο παιχνίδι της Βουδαπέστης, οι γηπεδούχοι επικράτησαν με 6-0 απέναντι σε έναν Πανιώνιο ο οποίος τελείωσε το παιχνίδι με εννέα παίκτες. Μάλιστα μετά το 3ο γκολ των Ούγγρων, όλοι οι ποδοσφαιριστές έπεσαν πάνω στον διαιτητή της αναμέτρησης διαμαρτυρόμενοι για οφσάιντ. Η συμπεριφορά των παικτών του εκτός από τις ποινές στους ίδιους έφερε και ποινή αποκλεισμού της ομάδας από την Ευρώπη για το υπόλοιπο της χρονιάς και έτσι ο Πανιώνιος έχασε το δεύτερο παιχνίδι στα χαρτιά.

Τα επόμενα χρόνια μέχρι το τέλος της δεκαετίας δεν είχαν την ίδια επιτυχία, την περίοδο όμως 1978-79 έφτασε στην κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας. Έχοντας αποκλείσει στα ημιτελικά τον Ολυμπιακό, αντιμετώπισε στο στάδιο «Γ. Καραϊσκάκης» την ΑΕΚ της οποίας και επικράτησε με 3-1. Σκόρερ και πρωταγωνιστές της ομάδας ήταν ο Νίκος Αναστόπουλος, ο Νόνι Λίμα και ο Γιάννης Παθιακάκης.

Δημιουργία της ΠΑΕ και πρώτοι υποβιβασμοί

Το 1980 ο Πανιώνιος γίνεται ΠΑΕ και συμμετέχει στο επαγγελματικό πρωτάθλημα της Α’ Εθνικής. Ωστόσο η ομάδα δεν ακολουθεί τις πορείες των προηγούμενων χρόνων και τα πρώτα χρόνια φλερτάρει με τον υποβιβασμό. Την περίοδο 1981-82 κάνει αισθητή την παρουσία του με τα χρώματα της ομάδας ο Δημήτρης Σαραβάκος ο οποίος πετυχαίνει 13 τέρματα στο πρωτάθλημα. Για δύο συνεχόμενες χρονιές η ομάδα σώζεται στα μπαράζ, υο 1987 όμως τερματίζει στην 4η θέση κερδίζοντας τη συμμετοχή της στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ.

Εντωμεταξύ το 1987 επιστρέφει στην ομάδα ο Θωμάς Μαύρος, ο οποίος έφυγε από την ΑΕΚ σαν ένας παίκτης που έχει πλέον μεγαλώσει και δεν μπορεί να προσφέρει άλλο. Με την φανέλα του «Ιστορικού» ωστόσο πραγματοποιεί σπουδαίες εμφανίσεις, το 1989 φτάνει μέχρι τον τελικό του Κυπέλλου όπου ηττάται από τον Παναθηναϊκό και την επόμενη χρονιά ο Μαύρος βγαίνει πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος με 22 γκολ.

Οι πρώτοι υποβιβασμοί και η επιστροφή στους τίτλους

Την περίοδο 1991-92 η ομάδα δεν πραγματοποιεί καλή πορεία, τερματίζει 16η σε τετραπλή ισοβαθμία με την Δόξα Δράμας, την Ξάνθη και την Παναχαΐκή και υποβιβάζεται στη Β΄Εθνική από όπου όμως κερδίζει την επόμενη χρονιά την άνοδο της. Τα επόμενα δύο χρόνια εξασφαλίζει σχετικά άνετα την παραμονή της, το 1996 όμως τερμάτιζε προτελευταία και υποβιβάζεται ξανά.

Επιστρέφει και πάλι άμεσα στην πρώτη κατηγορία και την περίοδο 1997-98 κατακτάει το δεύτερο Κύπελλο Ελλάδας της ιστορίας της. Αντίπαλος ο ισχυρός Παναθηναϊκός που ήταν και το φαβορί της αναμέτρησης. Σε ένα δυνατό παιχνίδι με 3 αποβολές, δύο για τον Πανιώνιο και μία για τον Παναθηναϊκό, ο «Ιστορικός» με γκολ του Ναλιτζή στο 56’ παίρνει μία σπουδαία νίκη και μαζί και την κατάκτηση ενός σημαντικού τίτλου. Από εκείνη την ομάδα εκτός από τον σκόρερ ξεχώρισαν και οι Βόκολος, Φύσσας, ενώ προπονητής ήταν ο Χρήστος Εμβολιάδης.

Ενδεκάδα Πανιωνίου στον τελικό: Στρακόσια, Μπουγάς, Βόκολος, Β.Ιωαννίδης, Κατσιαμπής (78΄ Θ.Καρασαββίδης), Μένταν (65΄ Κάφαλης), Α.Μάντζιος, Ναλιτζής (73΄ Βάσμπεργκ), Καμίτσης, Σαπουντζής, Φύσσας



Την επόμενη σεζόν ο Πανιώνιος πραγματοποίησε την καλύτερη του πορεία στην Ευρώπη. Συμμετείχε στο Κύπελλο Κυπελλούχων όπου έφτασε μέχρι τους «8» της διοργάνωσης. Εκεί γνώρισε τον αποκλεισμό από την μετέπειτα κάτοχου του τροπαίου Λάτσιο, του Σβεν Γκόραν Έρικσον με παίκτες όπως ο Μιχαΐλοβιτς , ο Νέτβεντ, ο Σάλας και ο Βιέρι.

Προεδρία Τσακίρη και φουρνιά Ελλήνων παικτών

Στην αρχή της νέας χιλιετίας ο Πανιώνιος αντιμετώπισε αρκετά οικονομικά προβλήματα κατάφερε όμως να πραγματοποιήσει καλές εμφανίσεις στο ελληνικό πρωτάθλημα βασιζόμενος κυρίως σε νεαρούς Έλληνες παίκτες οι οποίοι πρωταγωνίστησαν τα επόμενα χρόνια στη λίγκα. Ποδοσφαιριστές όπως ο Αλέξανδρος Τζιόλης, ο Βαγγέλης Μάντζιος, Γιάννης Μανιάτης, Νίκος Σπυρόπουλος και Γρηγόρης Μάκος αποτέλεσαν για αρκετά χρόνια τον ελληνικό κορμό του συλλόγου. Μάλιστα την περίοδο 2004-2005 ο Πανιώνιος έφτασε μέχρι τους ομίλους του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ με αντιπάλους τις Σοσό, Νιούκαστλ και Ντιναμό Τιφλίδας, επικρατώντας μόνο της τελευταίας με 5-2 στη Νέα Σμύρνη.
Το 2006 ο εφοπλιστής και πρόεδρος του ερασιτέχνη Πανιωνίου , Κωνσταντίνος Τσακίρης αναλαμβάνει την ομάδα η οποία βρισκόταν σε οικονομικό αδιέξοδο. Την πρώτη του χρονιά η ομάδα τερματίζει στην 5η θέση και κερδίζει την έξοδο της στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Στα προκριματικά κάνει την έκπληξη και αφήνει εκτός τη Σοσό για να μπει σε έναν όμιλο απέναντι στις Χέλσινμποργκ, Γαλατασαράι, Αούστρια Βιέννης και Μπορντό. Το διπλό στην Βιέννη την προτελευταία αγωνιστική του δίνει ελπίδες πρόκρισης, η εντός έδρας ήττα όμως από τη Μπορντό στη συνέχεια τον αφήνει εκτός διοργάνωσης.


Την επόμενη χρονιά ο Τσακίρης φέρνει στον Πανιώνιο τον Αλβάρο Ρεκόμπα που μαζί με τους Φαμπιάν Εστογιανόφ και Λάμπρο Χούτο συνθέτουν μία από τις ποιοτικότερες επιθετικές γραμμές στο πρωτάθλημα. Η ομάδα συμμετείχε στο Κύπελλο Ιντερτότο όπου αποκλείεται στον 3ο γύρο από την Νάπολι ενώ στο πρωτάθλημα τερματίζει στην 8η θέση.

Οικονομικά προβλήματα και νέα φουρνιά παικτών

Στο τέλος του 2010 ο Κωνσταντίνος Τσακίρης αποφασίζει να αποχωρήσει από την ΠΑΕ μεταβιβάζοντας τις μετοχές του στον Ερασιτέχνη. Η ομάδα αποδυναμώνεται αλλά την περίοδο 2011-11 κερδίζει την παραμονή της. Παίκτες όπως οι Ανδρέας Σάμαρης , Βασίλης Λαμπρόπουλος, Γιάννης Κοντοές, Δημήτρης Κολοβός και Τάσος Αυλωνίτης αποτελούν ακόμη έναν ελληνικό κορμό που κρατάει την ομάδα, στο τέλος όμως αποχωρούν όλοι.

Παρά τις δυσκολίες και τις απαγορεύσεις μεταγραφών, την περίοδο 2015-2016 τερματίζει στην 5η θέση, κερδίζοντας την είσοδο του στα πλέι οφ και την έξοδο στα προκριματικά του Γιουρόπα Λιγκ, με την ΟΥΕΦΑ όμως να μην του χορηγεί την άδεια συμμετοχής.

Την επόμενη χρονιά ωστόσο επαναλαμβάνει την ίδια πετυχημένη πορεία, τερματίζει 5ος και συμμετέχει στα προκριματικά του Γιουρόπα Λιγκ 2017-18. Στον 2ο προκριματικό γύρο ξεπερνάει το εμπόδιο της ΝΝ Γκόριτσα, στη συνέχεια όμως γνωρίζει τον αποκλεισμό με δύο ήττες (1-0,1-0) από την Μακάμπι Τελ Αβίβ.

Τις επόμενες δύο χρονιές παρά τις δυσκολίες καταφέρνει και τερματίζει πάνω από τη μέση της βαθμολογίας στη Σούπερ Λιγκ, φτάνοντας άνετα στην παραμονή του.

Γενικά Στοιχεία

Πρώτος παίκτης σε συμμετοχές: Στάθης Χάιτας (460)

Πρώτος σκόρερ: Γιώργος Δέδες (151)