Το φθινόπωρο του 1925, δηλαδή τη περίοδο του μεσοπολέμου, ιδρύθηκε από αθλητές της πόλης του Ηρακλείου ο ΟΦΗ. Στο γυμναστήριο της οδού Ιδομένεως συνυπάρχουν αθλητές στίβου, αρσιβαρίστες, παλαιστές και ποδοσφαιριστές. Κουβέντα στην κουβέντα έπεσε η ιδέα για την ίδρυση ενός συλλόγου. Τα λόγια δεν άργησαν να γίνουν πράξη, αφού το καταστατικό υπογράφτηκε στο σπίτι, του μετέπειτα γιατρού, Μηνά Ζαμπόζη.
O Όμιλος Φιλάθλων Ηρακλείου έγινε γεγονός και το φυτώριο του ήταν: Oι πρόσκοποι του Ηρακλείου και οι τελειόφοιτοι του Γυμνασίου Αρρένων της πόλης. Γρήγορα έγιναν τμήματα ποδοσφαίρου, αθλοπαιδιών, γυναικεία ομάδα βόλεϊ, στίβου, κολύμβησης και ποδηλατικό τμήμα.
Την περίοδο του μεσοπολέμου στο ελληνικό ποδόσφαιρο μια ομάδα από την Κρήτη ήταν ανέφικτο να ταξιδέψει και να αγωνιστεί στην Ηπειρωτική Ελλάδα. Οι αγώνες που έδωσε ο ΟΦΗ την προπολεμική 15ετία (1925-1940) δεν υπάρχουν στα επίσημα ιστορικά στοιχεία.
Ο ΟΦΗ μέχρι το 1956, έπαιζε στο τοπικό πρωτάθλημα της A' κατηγορίας Ηρακλείου (EΠΣH), αφού δεν είχε καταφέρει να προκριθεί ποτέ από την τελική φάση των προκριματικών που θα του επέτρεπαν να διεκδικήσει την συμμετοχή του στο Eθνικό Πρωτάθλημα. Από τη σεζόν 1955-1956, άλλαξε το σύστημα που υπήρχε και όταν τελείωσαν τα πρωταθλήματα των τριών μεγάλων ενώσεων έγιναν 3 προκριματικοί όμιλοι.
Την αγωνιστική περίοδο 1957-58, με αντιπάλους τους Παναυπλιακό, Παναχαϊκή, Oλυμπιακό Xαλκίδας, ο OΦH τερμάτισε πρώτος και συμμετείχε για πρώτη φορά στο πρωτάθλημα της A' κατηγορίας όπου τερμάτισε 12ος.
Τη σεζόν 1959-60, συμμετείχε στο πρωτάθλημα της ανεπίσημης B εθνικής και εντάχθηκε στον νότιο όμιλο καταλαμβάνοντας την 6η θέση. Μια χρονιά μετά, τοποθετήθηκε στον A όμιλο της B εθνικής και κατέλαβε την 3η θέση. Το πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής 1962-63 ήταν το πρώτο επίσημο.
Η ΠΡΩΤΗ ΑΝΟΔΟΣ
Tην αγωνιστική περίοδο 1967-68 ο OΦH βρέθηκε στον A΄ όμιλο της B εθνικής και κατετάγη 2ος, όπου έδωσε αγώνα μπαράζ με τον Πανελευσινιακό στα Xανιά τον οποίο κέρδισε και πήρε το εισιτήριο για πρώτη φορά στην ιστορία του να ανέβει στην A΄ εθνική. Στο πρώτο παιχνίδι στην Eλευσίνα στις 16-6-1968 έχασε με 2-1 και ο δεύτερος αγώνας μπαράζ έγινε στο Hράκλειο στις 23-6-1968 και ο OΦH επικράτησε με σκορ 3-0. Τρεις ημέρες αργότερα πραγματοποιήθηκε ο τρίτος αγώνας μπαράζ στα Xανιά.
Στις 26 Ιουνίου με εντολή τότε του δημάρχου Ηρακλείου τα μαγαζιά έκλεισαν στις 11:00 για να προλάβουν όσοι ήθελαν να πάνε στα Χανιά και να συμπαρασταθούν στις προσπάθειες των παικτών του OΦH. Δέκα χιλιάδες κόσμος υπήρχε στο γήπεδο και ο ΟΦΗ τα κατάφερε να τους κάνει χαρούμενους νικώντας με 1-0.
Το πρωτάθλημα της περιόδου 1968-69 υπήρξε το 10ο το οποίο διεξήχθη υπό μορφή εθνικής κατηγορίας και το πρώτο του ΟΦΗ στη μεγάλη κατηγορία. Η πρώτη νίκη έγινε την 4η αγωνιστική, με αντίπαλο τον Πανσερραϊκό (1-0). Στην πρώτη του εμφάνιση στην A΄ εθνική ο OΦH τερμάτισε στην 12η θέση με 30 βαθμούς.
Η ΠΡΩΤΗ ΚΑΘΟΔΟΣ
Τη σεζόν 1970-71, ο ΟΦΗ, στην 14ετή θητεία του στην Ά Εθνική και συγκέντρωσε 29 βαθμούς και τερμάτισε στην τελευταία θέση (17ος) και υποβιβάστηκε στην B' Εθνική. Έπρεπε να περάσουν έξι χρόνια (1976-77) για να επιστρέψει στα μεγάλα σαλόνια και τερμάτισε στην 6η θέση του βαθμολογικού πίνακα, έχοντας προπονητή το Νίκο Αλέφαντο.
Το 1985 την τεχνική ηγεσία της ομάδας ανέλαβε ο Ολλανδός τεχνικός, Ευγένιος Γκέραντ (απεβίωσε στις 2 Ιανουαρίου 2018) και έμελλε να γράψει χρυσή ιστορία με την κρητική ομάδα αποχωρώντας, έπειτα από 15 χρόνια και έγινε ο μακροβιότερος ξένος προπονητής σε πάγκο ελληνικής ομάδας.
Ο Γκέραρντ δεν άργησε πολύ να περάσει το στίγμα του στον ΟΦΗ, αφού το 1987, κατέκτησε για πρώτη φορά στην ιστορία του το κύπελλο Ελλάδος. Στον τελικό του ΟΑΚΑ επικράτησε στη διαδικασία των πέναλτι του Ηρακλή του Βασίλη Χατζηπαναγή. Μπροστά σε 23.587 φιλάθλους στο Ολυμπιακό Στάδιο, το γκολ του Κωφίδη (30') έδωσε το προβάδισμα στον Ηρακλή, ωστόσο η ομάδα του Ευγένιου Γκέραρντ ισοφάρισε με τον Χαραλαμπίδη τέσσερα λεπτά αργότερα.
Ως το τέλος της κανονικής διάρκειας του παιχνιδιού δεν σημειώθηκε άλλο γκολ και ο τίτλος κρίθηκε στα πέναλτι (3-1) με τον Μύρωνα Σηφάκη πρωταγωνιστή. Η σύνθεση της ομάδας: Σηφάκης, Γκουλής, Βασιλείου, Τσινός, Μιχαλίτσιος (102′ Ανδρεανίδης), Ίσις, Περσίας, Παπαβασιλείου, Νιόπλιας (94′ Καριώτης), Χαραλαμπίδης, Σαμαράς
Μάλιστα, στο πρωτάθλημα, επαναλαμβάνει την επιτυχία του προηγούμενου χρόνου και τερμάτισε στην 3η θέση.
Την ίδια περίοδο, ο OΦΗ εκπροσωπεί για πρώτη φορά την Κρήτη και την Ελλάδα στην Ευρώπη και συγκεκριμένα στο Κύπελλο UEFA, επικρατώντας στο νησί της Χάιντουκ Σπλιτ με 1-0, αλλά έχασε με 4-0 στην Κροατία.
Την περίοδο 1987-88 ο ΟΦΗ κατετάγη τρίτος, κερδίζοντας το εισιτήριο για το Βαλκανικό κύπελλο της επόμενης χρονιάς, το οποίο και κατέκτησε.
Η ΚΑΛΥΤΕΡΗ ΕΥΡΩΠΑΪΚΗ ΠΟΡΕΙΑ
Την περίοδο 1992-93 ο ΟΦΗ κέρδισε την έξοδο στο κύπελλο UEFA και έφτασε μέχρι τους «16» της διοργάνωσης, αποκλείοντας τη Σλάβια Πράγας και την Ατλέτικο Μαδρίτης, για να αποκλειστεί στη συνέχεια από την πορτογαλική Μποαβίστα.
Το 2006, ο ΟΦΗ κατάφερε να υπαγεί στο άρθρο 44 περί χρεωκοπίας και τα χρέη του να διαγραφούν. Τη σεζόν 2008-09, μπήκε ένα τέλος στην επί 33 χρόνια αδιάλειπτη παρουσία του ΟΦΗ στην πρώτη κατηγορία. Η 14η θέση τον έστειλε στη δεύτερη κατηγορία.
ΟΙ ΜΕΤΟΧΕΣ ΣΤΟΝ ΚΟΥΡΑΚΗ
Τον Μάιο του 2010 έγινε αλλαγή σελίδας για τον ΟΦΗ, αφού υπεγράφη η οριστική μεταβίβαση των μετοχών, με τον ΟΦΗ να μπαίνει πλέον σε μια νέα εποχή όπου η λέξη πολυμετοχικός απέκτησε έννοια. Στο γραφείο της συμβολαιογράφου Μαρίας Ανδρωνά έπεσαν οι υπογραφές των δύο ιδιωτικών συμφωνητικών όπου το ένα θα είναι μεταξύ του Γιάννη Κουράκη και των αδερφών Βατσινά και το δεύτερο μεταξύ των πρώην μεγαλομετόχων και της ΠΑΕ ΟΦΗ όπου έχει υπογράψει ο Γιάννης Κουράκης ως εκπρόσωπος του υπόλοιπου Δ.Σ.
Η ΕΠΙΣΤΡΟΦΉ ΚΑΙ Η Γ΄ ΕΘΝΙΚΗ
Η ομάδα προβιβάστηκε ξανά στη Super League τη σεζόν 2010-2011. Στις 21 Μαρτίου 2015, αποχώρησε από το πρωτάθλημα λόγω αδυναμίας της διοίκησης να καλύψει τις οικονομικές υποχρεώσεις που είχαν δημιουργηθεί τα τελευταία χρόνια και πλέον κάνει επανεκκίνηση από τη Γ Εθνική, όπου στην πρώτη του συμμετοχή τερμάτισε πρώτος στον 4ο όμιλο.
Πήρε το πρωτάθλημα στη Football League τη σεζόν 2017-18 και πήρε την άνοδο για τη Super League για τη σεζόν 2018-19.
Από τις 17 Μαρτίου 2020, ο Μιχάλης Μπούσης είναι ο ισχυρός άνδρας της κρητικής ομάδας ομάδας, αφού κάλυψε αποκλειστικά την αύξηση μετοχικού κεφαλαίου στην ΠΑΕ ΟΦΗ ύψους 800.000 ευρώ και με ποσοστό πάνω από 50% αποτελεί πια το απόλυτο αφεντικό.
Πρόκειται για Ελληνα ομογενή επιχειρηματία που ζει στις ΗΠΑ και βρίσκεται πίσω από τους παλαίμαχους της ομάδας Γιάννη, Γιώργο Σαμαρά και Ηλία Πουρσανίδη.
Ο Μιχάλης Μπούσης, είναι γόνος γνωστής οικογένειας που ζει στην Αμερική και δραστηριοποιείται στο Σικάγο, ιδιοκτήτρια αλυσίδας Σούπερ Μάρκετ “Cermark Fresh Market”, η οποία εμπορεύεται τρόφιμα από την Ελλάδα, την Ιταλία, την Πολωνία, τη Ρωσία, το Πουέρτο Ρίκο και το Μεξικό.
Ο ΟΦΗ έχει αναδείξει αρκετούς, κυρίως, Έλληνες παίκτες αφού έκανε γνωστούς στην χώρα, αλλά και στο εξωτερικό τους Νίκο Νιόπλια, Νίκο Μαχλά, Ηλία Πουρσανίδη, Πέτρο Μαρινάκη, Γιάννη Αναστασίου, αλλά και τον Μαχαμαντού Ντιαρά.
Την ασπρόμαυρη φανέλα έχουν φορέσει μεγάλοι Έλληνες παίκτες όπως οι: Στάθης Ταυλαρίδης, Κώστας Χανιωτάκης, Στέλιος Σφακιανάκης, Γιάννης Σαμαράς, Ηλίας Κώτσιος, Νίκος Γκουλής και Γρηγόρης Τσινός.
Επίσης και ξένοι ποδοσφαιριστές όπως οι: Ντέρεκ Μπόατενγκ, Ρόι Κάρολ, Πιερ Ισά, Ντράγκαν Τζουγκάνοβιτς και Ρόναλντ Γκόμεζ.
Η ιστορική έδρα του ΟΦΗ, έχει το όνομα του Θεόδωρου Βαρδινογιάννη, ο οποίος πέθανε το 1996, αλλα είναι γνωστή σε όλους ως «Γεντί Κουλέ». Tο γήπεδο του OΦH βρίσκεται στην περιοχή «Καμίνια» του Ηρακλείου. Η ακριβής χωρητικότητα του γηπέδου είναι 9.088 θέσεις.
Η ιστορία του γηπέδου, ξεκινάει πριν από 60 χρόνια, όταν η ομάδα αγωνιζόταν στο γήπεδο “Ελευθερίας” ώσπου ο πρόεδρος της τοπικής Ένωσης Δημήτρης Βουρεξάκης έδωσε την πληροφορία στους ανθρώπους της για την έκταση στα Καμίνια που ανήκε στο κράτος και θα μοιραζόταν στους πρόσφυγες.
Οι τότε παράγοντες του ΟΦΗ κινήθηκαν με μυστικότητα, κατέλαβαν το χώρο και άρχισαν τις εργασίες. Δύο χρόνια αργότερα το γήπεδο παραδιδόταν έτοιμο στην ομάδα του ΟΦΗ και τα εγκαίνια έγιναν το Νοέμβριο του 1951. Άνοιξε τις πύλες του για πρώτη φορά επίσημα στις 11 Νοεμβρίου 1951 και ο ο ΟΦΗ φιλοξένησε την ομάδα της ΑΣΔΑΝ.
Ένα από τα πιο σύγχρονα αθλητικά κέντρα της Ευρώπης, είναι το Αθλητικό Κέντρο του ΟΦΗ, που βρίσκεται στην περιοχή Σκαφιδαρά του Δήμου Γαζίου και καταλαμβάνει έκταση 50.000 τ.μ. Είναι ιδιοκτησίας του Eρασιτέχνη OΦH και οι εργασίες ανέγερσής του ξεκίνησαν το 1988.
Το BΑΚ διαθέτει τέσσερα γήπεδα ποδοσφαίρου και εκτός από τους αγωνιστικούς χώρους, υπάρχουν κτιριακές εγκαταστάσεις, οι οποίες είναι εξοπλισμένες με όλα τα σύγχρονα μέσα. Στο ισόγειο, είναι τα αποδυτήρια για την μεγάλη ομάδα και σε χώρο 40 τ.μ. υπάρχει ένα σύγχρονο φυσικοθεραπευτικό - εργομετρικό κέντρο (Σάϊπεξ, υπέρηχο, διαδυναμικά ρεύματα, δινόλουτρο, λέιζερ, ψυχρά και θερμά επιθέματα, διαθερμείες, πισίνα, σάουνα, ποδήλατο, απινιδωτής καρδιάς, πιεσόμετρο, οξύμετρο για την μέτρηση των αυτιών και του οφθαλμών, μικρό χειρουργικό σετ).
Στο 1ο όροφο υπάρχει γυμναστήριο σε χώρο 60 τ.μ. που είναι πλήρως εξοπλισμένο με μηχανήματα, υπάρχουν αποδυτήρια για τους διαιτητές και γραφεία του OΦH. Επίσης, στεγάζεται η διοίκηση της ομάδας, το λογιστήριο, το εμπορικό τμήμα, το γραφείο τύπου, το τμήμα δημοσίων σχέσεων, αλλά και το τμήμα σκάουτινγκ της ομάδας.
Ολυμπιακός
Παναθηναϊκός
ΑΕΚ
Βόλος ΝΠΣ
ΠΑΣ Γιάννινα
Άρης
ΠΑΟΚ
Απόλλων Σμύρνης
Αστέρας Τρίπολης
Ιωνικός
Ατρόμητος
Παναιτωλικός
Λαμία